"Se você é daqueles que precisa utilizar seu pen drive em diversos lugares e computadores, e a cada vez que você o pluga em algum computador e acaba pegando um novo virus, aí vai uma dica bem interessante."
Antes de mais nada faça o backup dos dados de seu pen drive.
1º: Formate o pendrive como fat32.
2º: Vamos converter ele para NTFS, abra o botao iniciar e aperte em executar, digite cmd e dê enter, na tela do prompt de comando digite convert letra da unidade em que o pendrive se encontra, por exemplo "E: /fs:ntfs" ficando assim: "convert E: /fs:ntfs" (sem aspas).
3º: Abra o Meu Computador e vai em Ferramentas, Opçoes de Pasta, Modo de Exibiçao, role a barra de rolagem até o final e desmarque as duas ultimas opçoes: usar compartilhamento simples e usar o assistente de compartilhamento.
4º: Crie uma pasta dentro da raiz de seu pen drive, pois nela ficarão todos os seus dados.
5º: Agora com o seu pen drive convertido para ntfs aperte com o botao direito na unidade e escolha compartilhamento e segurança.
6º: Escolha as Opçoes de Segurança e repare que tem na caixa de usuarios "todos" que está com controle total, marque apenas a opçao "ler e executar", "listar conteudo da pasta" e "leitura".
7º: Repita o passo 6 na pasta que foi criada, mas agora permita a todos o controle total.
Fazendo isso o seu pen drive não vai permitir que sejam gravados dados na raiz, onde geralmente se alojam os arquivos maliciosos (autorun's), porém na pasta que criamos você terá controle total para ler, gravar e executar os arquivos.
Obs: Este procedimento pode limitar o uso do seu pendrive em aparelhos de som de carro, TV's LCD e etc. Muitos destes equipamentos apenas trabalham com FAT32, e não com NTFS.